เทศบาลตำบลขนอมในอดีตมีการบริหารในรูปแบบสุขาภิบาล อยู่ในการปกครองของอำเภอขนอมจัดตั้งเป็น สุขาภิบาลตามประการศกระทรวงมหาดไทย เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม 2488 ประกาศในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 28 มกราคม 2500 และได้เปลี่ยนแปลงฐานะจากสุขาภิบาลขนอมมาเป็นเทศบาลตำบลขนอมเมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 2542 โดยได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 116 ตอนที่ 9 ก ลงวันที่ 25 พฤษภาคม 2542